Microrganismos como Shistossoma sp e Taenia sp são classificados comode risco irrelevante a alto, dependendo de fatores e circunstâncias locais. A transmissão de doenças a partir de irrigação de efluentes de acordo com os critérios da OMS, ou seja, da avaliação dos riscos reais, somente pode ser avaliada com base em estudos epidemiológicos.
Entretanto, tais estudos merecem pesquisas a profundadas devido à sua complexidade, uma vez que exigem a comparação entre populações expostas e não expostas aos riscos associados com a irrigação de águas residuárias.
A sobrevivência de microrganismos patogênicos no soloe nas plantas tem sido o objetivo de alguns trabalhos, no entanto, cabe ressaltar que tais informaçõessão bastante genéricas, sendo que fatores locais podem influenciar na sobrevivência dos microrganismos.
Pode-se dizer que temperaturas mais elevadas, períodos de insolação mais prolongados,solos com boa capacidade de drenagem (arenosos), baixos teores de água e superfícies lisas decultura irrigada são fatores que concorrem para a redução da sobrevivência de microrganismos.
As recomendações da OMS não incluem padrões bacteriológicos para a água a ser utilizadaem de irrigação, de maneira irrestrita, devido à ausência de evidências epidemiológicas deriscos de transmissão de doenças bacterianas e viróticas aos agricultores.
No entanto, pesquisassugerem incluir a recomendação adicional de um limite de 10.000 CF por 100 mL para irrigação restrita. Estudos demonstraram que crianças são mais suscetíveis a doenças transmitidaspor ascaridíase.
Quando a água vem de poços e passa diretamente às redes de irrigação, é normal o transporte de partículas minerais como limo e areia. A corrosão de tubulação de ferro tambémpode desprender partículas de ferrugem.
Quando a água passa por depósitos livres pode estarsujeita ao desenvolvimento de algas tão pequenas que passam pelo sistema de filtragem. O desenvolvimento de bactérias também pode causar entupimentos.